Если под WindowsCE Ты имела в виду КПК DOT-320, а не прочие PocketPC2002 и PocketPC2003(WindowsMobile2003), то в нем имеется встроенный инструмент: TascalRegEdit. Вот им то и редактируют реестр.
Ежели Ты имела в виду именно прочие PocketPC, то тогда:
во-первых не совсем в ту ветку попали, сударыня

А во-вторых:
посмотри на этом же сайте в разделе "Программы для КПК" -> "Программы для Pocket PC" следующие программы:
Tweaks2K2 .NET for ARM & XScale 3.7.0 ppc(Вносит изменения в реестр. 93 функции изменения. То есть, вручную что-то править не удастся. Только то, что разрешено авторами программы)
PHM Registry Editor 0.70 (Отличный редактор реестра. А вот Этим как раз можно "пошалить"
