Проверь возможность утилиты Storage Tools 1.8. Во всяком случае мой Ipaq storage она лихо отфопматировала вместе со всеми настройками дистанционного управления:-)
Есть два вида драйверов для встроенного флеша - как внешний накопитель (тогда его видят все сторонние утилиты и позволяют форматировать как угодно) или как RAM диск (тогда невозможна работа сторонних программам с этим флеш-диском).
